能否准确揪出引发感染的病原体，始终是感染性疾病诊疗中临床医生和实验室人员面临的重大挑战。培养法、血清学检测等传统病原体检测方法，存在检测耗时长、灵敏度低、覆盖病原体种类有限等短板。而下一代测序技术（Next-Generation Sequencing, NGS）的出现，为破解感染背后的身份密码带来了新曙光。

NGS技术原理：解码病原体的“基因密码本”

NGS是一种高通量测序技术，能对样本中的核酸（DNA或RNA）进行大规模并行测序。简单说，NGS技术像是拆解“密码本”，将“密码本”拆分成无数小片段，逐一解读这些小片段，最后才把解读出的信息重新拼接，还原出完整的“密码本”内容。

更简单地说，传统测序技术好比一个一个地抄写书本上的文字，速度慢且效率低；而NGS像一群人同时抄写不同的段落，大大提高了抄写（测序）的速度和效率。

做感染性疾病检测时，要是怀疑患者感染了，实验室医生会采集患者血液、痰液、脑脊液等样本提取核酸；把核酸处理成片段、加上接头做成适合测序的文库，再放到测序仪上测序。测序仪很快生成海量短序列读长，这些读长藏着病原体遗传信息。用生物信息学方法，把这些读长和已知病原体基因组数据库比对，就能知道样本里有没有病原体、具体是哪种，这就像在人群里通过基因序列找特定病原体一样。

NGS在感染检测中的优势：全方位、高效率、精准定位

①覆盖病原体种类广泛

传统病原体检测方法通常只能针对特定几种或几十种病原体，而NGS几乎能检测细菌、病毒、真菌、寄生虫等所有已知病原体。无论是常见病原体，还是罕见、新发病原体，NGS都能将其“揪”出，为临床诊断提供关键线索。

②灵敏度高

NGS能够检测到样本中极低丰度的病原体核酸。在感染早期或免疫功能低下患者体内，病原体含量极少，传统检测方法可能无法检出，而NGS凭借高灵敏度可捕捉到这些微量病原体信息，更早发现感染，为及时治疗争取时间。

③提供全面信息

除确定病原体种类外，NGS还能提供病原体的基因序列信息。通过分析这些信息，了解病原体的耐药基因、毒力基因等情况，从而指导临床用药。

④缩短检测时间

NGS的样本处理和数据分析过程相对复杂，但随着技术持续发展和优化，检测时间已大幅缩短。相比传统培养法，NGS一般24-72小时即可完成检测，对危急重症患者的救治至关重要。

NGS检测感染适用于哪些情况？

①疑难感染诊断

对于不明原因的发热、感染等症状，传统检测方法无法明确病原体时，NGS可发挥重要作用。一些罕见病原体感染或新发病原体感染，NGS有可能快速准确地检测出病原体。

②危急重症患者

在重症肺炎、脓毒症等危急重症患者的治疗中，及时确定病原体并选择合适的抗生素是挽救患者生命的关键。NGS可以在短时间内给出检测结果，帮助医生尽快制定治疗方案。

③免疫功能低下患者

免疫功能低下的患者容易发生各种机会性感染，且病原体种类复杂多样。NGS可以全面检测样本中的病原体，为临床诊断和治疗提供重要依据。

NGS检测面临的挑战与应对策略：持续优化，提升质量

①样本质量控制

样本质量直接影响NGS检测结果。若样本存在污染、核酸降解等问题，可能导致假阳性或假阴性结果。因此，在样本采集、运输和保存过程中需严格按规范操作。

例如采集样本时要避免污染，使用无菌采集器具；运输时保持适当温度和条件，防止核酸降解；保存时选择合适保存液和保存方式。

②生物信息学分析的准确性

生物信息学分析的准确性关乎病原体鉴定结果，是NGS检测的关键环节。目前生物信息学分析软件和数据库尚不完善，存在一定局限性。为提高分析准确性，需不断优化分析算法、更新数据库，同时结合临床信息进行综合判断。比如检测到罕见病原体时，要结合患者临床表现、流行病学史等信息，进一步确认其是否为真正致病病原体。

③成本与可及性

NGS检测成本相对较高，一定程度上限制了其在临床的广泛应用。NGS检测需专业设备和技术人员，因而目前基层医疗机构开展难度较大。为解决这些问题，一方面要不断降低检测成本、提高检测效率；另一方面要加强基层医疗机构技术培训和设备配备，提高NGS检测的可及性。

NGS作为一种强大的技术手段，为破解感染背后的身份密码提供了有力支持。相信随着技术的持续发展和完善，NGS将在感染性疾病诊疗中发挥越来越重要的作用，为人类健康事业做出更大贡献。